O programa de pós-graduação em Agroquímica foi criado com a modalidade Mestrado (1998) e posteriormente iniciou-se a modalidade Doutorado (2006). Atualmente conta com 17 professores em seu corpo docente sendo 04 colaboradores, distribuídos nas seguintes linhas de pesquisas: Química Ambiental, Química Computacional, Bioquímica, Tecnologia de Cachaça e Produtos Naturais e Sintéticos. O objetivo geral da PPGAQ é a formação de mestres e doutores, enfatizando a relação entre a química e as ciências agrárias.